Il ne reste aucun vestige de l'époque médiévale, le monastère ayant atteint son apogée entre les XVIe et XVIIIe siècles, auxquels appartiennent les bâtiments actuels. Le monastère souffrit deux incendies importants : en 1526 (quand la Navarre perdit son indépendance) et en 1793 (pendant la Convention en France, lorsque les troupes françaises envahirent la région et incendièrent le monastère et le village d'Urdax).

Durant ce dernier incendie, la grande bibliothèque du monastère, qui contenait plus de 9.000 ouvrages, fut détruit. Après la Convention (1793-1795), les moines durent se réfugier dans le sanctuaire de Loyola jusqu'en 1806. Peu après, en 1839, se produisit le "désamortissement " de Mendizabal (ministre espagnol qui ordonna l'expropriation et la vente des biens communaux et du clergé).

Le monastère est alors définitivement abandonné par l'ordre des Prémontrés et le sanctuaire devient l'église paroissiale. De l'ancien monastère, il reste l'église et le cloître, qui, avec d'autres dépendances, abritent le musée du monastère et l'exposition d'art, ainsi que l'auberge des pèlerins de Compostelle.

Le Musée des Ornements Liturgiques, fondé à l'initiative de l'Association des Amis du Chemin de Compostelle d'Urdax-Baztan, se trouve dans les anciennes dépendances du monastère, de même que l'exposition permanente de 50 ans de peinture basque. 

Ne manquez pas : EXPO-ZUBI-ARTE présente dans le cloître, "50 ans de peinture et de sculpture basque", aux mêmes horaires de visite que le musée.

L'exposition aménagée dans le cloître médiéval de l'ancien monastère d'Urdax/Urdazubi accueille 300 œuvres d'art de 26 peintres et sculpteurs figurant parmi les grands artistes basques de notre temps et dignes représentants de la peinture basque depuis les années 1950 jusqu'à nos jours.

Vous aurez ainsi tout le loisir de contempler l'exposition permanente des oeuvres José Luis Zumeta, Christine Etchevers, Patxi Aranoa, Pier, Iñaki Ruiz de Eguino, Monique Leinert, Oaia Peruarena, Jose Mari Apezetxea, Roger Bravard, Aitor de Mendizabal, Xabier Obeso, Javier Alkain, Txomin Toyos Irkus Robles Arangiz et Carmelo Ortiz de Elgea.

Du côté des sculpteurs, sont présents dans le cloître : Aitor de Mendizabal, Tomas Fischer, Tista, Iñaki Ruiz de Eguino, Juan Gorriti, Ramon Cabestany, François Marty, Iñaki Olazabal, Edouard Solorzano, Koldobika Jauregi, Luis Alberto Ospitaleche, Lesagibel et Joseba Estarta.

Tout l'intérieur de l'église San Salvador a été restauré, y compris les anciens retables et les fresques murales.