Ez da Erdi Aro garaiko aztarnarik iritsi. Haatik, monasterioak XVI. eta XVIII. mendeen artean izan zuen une gorena, eta garai haietakoak dira, hain zuzen ere, gaur egungo eraikuntzak. Monasterioak bi sute handi izan zituen: 1526an (Nafarroak independentzia galdu zuenean) eta 1793an (Frantziako Konbentzioan, Frantziako tropek ingurua hartu eta Urdazubiko monasterioa eta hiria erre zutenean). Azken sute horretan, erabat suntsitu zen monasterioaren liburutegi handia, 9.000 liburu baino gehiago zituena.

Frantziako Konbentzioan  (1793-1795) monjeek Loiolako santutegian babestu behar izan zuten, 1806. urtera arte. Pixka bat geroxeago, 1839. urtean, Mendizabalen desamortizazioa gertatu zen (ondasun komunalak eta elizaren  ondasunak desjabetu eta saldu zituen Espainiako ministroa izan zen Mendizabal). Premontretarren ordenak behin betiko utzi zuen monasterioa, eta monasterioko tenplua parrokia-eliza bihurtu zen.

Antzinako monasterioaren eliza eta klaustroa gordetzen dira. Klaustroak eta beste areto batzuek osatzen dute monasterioaren museoa, arte-erakustokia eta Donejakue Bideko erromesen aterpea. Urdazubi-Baztango Donejakue Bideko Lagunen elkarteak sustatutako ornamentu liturgikoen  museoa monasterioaren geletan dago, baita Euskal Herriko Pintura, 50 urte erakusketa ere. 

Ez ezazu galdu: EXPO-ZUBI-ARTE, klaustroko erakusketa, "Euskal Herriko Pintura eta Eskultura, 50 urte", museoaren bisita-ordutegi berarekin.

Urdazubiko antzinako monasterioaren Erdi Aroko klaustroaren erakusketak gure garaiko 26 euskal pintore eta eskultore handien 300 arte-lan bildu ditu. 50eko hamarkadatik gaur egunera arteko euskal pinturaren ordezkari nagusien lanak daude.

Izan ere, modu iraunkorrean erakusten  dira José Luis Zumeta, Christine Etchevers, Patxi Aranoa, Pier, Iñaki Ruiz de Eguino, Monique Leinert, Oaia Peruarena, Jose Mari Apezetxea, Roger Bravard, Aitor de Mendizabal, Xabier Obeso, Javier Alkain, Txomin Toyos Irkus Robles Arangiz eta Carmelo Ortiz de Elgea. artisten lanak.

Eskultoreei dagokienez, klaustroan Aitor de Mendizabal, Tomas Fischer, Tista, Iñaki Ruiz de Eguino, Juan Gorriti, Ramon Cabestany, François Marty, Iñaki Olazabal, Edouard Solorzano, Koldobika Jauregi, Luis Alberto Ospitaleche, Lesagibel eta Joseba Estartaren eskulturak ikus daitezke. 

Gaur egun San Salbador elizaren barrualde osoa zaharberritu da, eta erretaulak zein hormetako pintura leheneratu dira.